В 1796 году скончалась императрица Екатерина Великая и на престол всероссийский вступил император Павел Петрович. Он ласково принял Платова, и вот эта ласка императора послужила к тому, что Платову стали завидовать. Нашлись такие негодяи, которые оклеветали Платова в глазах императора. Всю свою жизнь Платов думал только о службе, ради службы он жертвовал и самой дружбой. Он был справедлив и пылок в бою, и донские казаки и калмыки его очень любили. Платов в 1799 году, находясь в Петербурге, просился в отпуск, на Дон; он хотел побывать в семье своей. На полпути нарочно посланный от государя офицер остановил донского генерала и отвез его в Кострому. Из Костромы Платова перевезли в Петербург и заключили в холодный и сырой каземат Петропавловской крепости.

Он, авторитетный донской генерал, подозревался императором Павлом I в намерении взбунтовать против самодержца Дон. Более двух лет провел Матвей Иванович в далекой Костроме, где встретил Алексея Петровича Ермолова, будущего выдающегося военного деятеля России, тоже сосланного по приказу императора.

Ох и трудно было в маете и бездействии коротать долгие дни ссылки двум боевым генералам в то время, как российская армия под началом великого Суворова громила французов в Северной Италии, — ведь именно там было их место! Одно за другим слал Платов письма императору, давая разъяснения по всем пунктам обвинения и прося вернуть его на службу.

Осенью 1800 г. его доставили с фельдъегерем в Петербург, но вместо освобождения бросили в Алексеевский равелин Петропавловской крепости.

Камера, в которой сидел Платов, имела шесть шагов в поперечнике и освещалась одним сальным огарком, треск которого из-за большой сырости был неприятно громким. С наступлением зимы, холодной и слякотной, затопили печи, но вместо тепла от них несло таким чадом, что, как выражался Платов, «глаза ело, как от хрена». Стены были мокрыми и скользкими, а по полу, не боясь Платова, бегали здоровенные крысы.

Платов сначала стучал на них ногами, а потом привык — все-таки живые существа! 11 января 1801 г. он был судим сенатским судом и оправдан. Ему назначили аудиенцию у императора. Перед этим его повели в баню, после чего выдали новый генеральский мундир. Аудиенция состоялась в Михайловском замке.

Павел I был любезен с Платовым…
— Рад, Матвей Иванович, что ваша невиновность доказана. У меня в России никто не страдает безвинно…
— Да, ваше величество, правда всегда торжествует…
— Что делать с твоими врагами? — жестко спросил Павел.
— Простить их, ваше величество… — равнодушно ответил Платов. Император произвел Матвея Ивановича в заместители донского войскового атамана и велел ехать на Дон: поднимать казаков в поход на… Индию, бессмысленность которого была ясна с самого его начала и который был прекращен после смерти Павла I в марте 1801 г. В конце июля этого же года умер войсковой атаман В.П. Орлов, и императорским указом от I августе 1801 г. на этот пост был назначен Матвей Иванович Платов. «Известные ваши достоинства и долговременная и беспорочная служба, — писал Александр I Платову,- побудили меня избрать вас в войсковые атаманы войска Донского на место умершего генерала от кавалерии Орлова». Так доблестной и честной службой дослужился сын войскового старшины и внук простого казака до высокого звания атамана войска Донского.