С восшествием на российский престол в ноябре 1796 года Павла I Платов перестал слыть императорским любимцем. Мало того, донской генерал оказался в немилости у нового самодержца.

Поводом для обвинений, выдвинутых против Матвея Ивановича, послужили претензии казаков 2-го Чугуевского полка о невыплате им так называемых «хлебных денег» еще в апреле 1793 года. Жалоба была высказана казаками на смотре полка летом 1797 года, когда он давно уже не находился в ведении Платова. Известно, что сплошь и рядом расчет с казаками велся в течение многих лет (рассказывают, к примеру, что генерал-майор Денисов рассчитывался с казаками за дела 25-летней давности). Редко кто привлекался за подобные дела к суду, исключая только явные злоупотребления.
Император был явно настроен недоброжелательно против Матвея Ивановича. Узнав о претензиях казаков 2-го Чугуевского полка, Павел I приказал судить командира полка Лесли и бывшего атамана Платова военным судом. Свидетельские показания суд собирал все лето и осень 1797 года. 7 декабря Платов был вызван в суд, где дал объяснения произошедшему. Суждение суда было таким: все деньги были «гласные», их утаить невозможно, да и поползновения такого не было; деньги в полк не выдавались, чтобы иметь определенные суммы на непредвиденные расходы, это обычная практика. Причем 2-й Чугуевский полк остался Платову должен.
Однако парадокс заключался в том, что, несмотря на эти объективные суждения, суд присудил лишить Платова воинского чина. Император распорядился исключить Матвея Ивановича из военной службы и отправить на Дон, чтобы атаман В.П. Орлов дер-жал его безотлучно под присмотром в Черкасске. Туда все же Платов не попал. По дороге его догнал курьер и вручил предписание отправиться в ссылку в Кострому. Там он провел почти три года. В Костроме Матвей Иванович сошелся с молодым подполковником А.П. Ермоловым, будущим прославленным генералом русской армии.
Платов писал многочисленные прошения, убеждая вернуть его из ссылки. Матвею Ивановичу была возвращена сабля. Принимая ее, он, как утверждают, сказал: «Она мне поможет оправдаться» или «Она меня оправдает». Эти слова были истолкованы как угроза императорской власти и доложены Павлу I. В итоге Платов был перевезен из Костромы в Петербург и заключен в Петропавловскую крепость.
Гражданскому суду было повелено собрать все, что компрометировало бы Матвея Ивановича. В частности, против него было выдвинуто обвинение в укрывательстве беглых крестьян. Вскоре, 11 января 1801 года, Сенат доложил императору о том, что Платов в этом преступлении невиновен. 16 января последовало высочайшее повеление освободить Матвея Ивановича из равелина Петропавловской крепости.
Платов из заключения был доставлен к императору Павлу I, который поручил ему стать одним из руководителей похода донских казаков в Индию.

1 января 1801 года последовал императорский рескрипт, в котором, в частности, говорилось:
«Англичане приготовляются сделать нападение флотом и войском на меня и на союзников моих датчан и шведов. Я готов их принять, но нужно их самих атаковать и там, где удар им может быть чувствительный, и где меньше ожидают. Нападение на Индию самое лучшее для сего. Подите с артиллерией через Бухару и Хиву на реку Индус. Приготовьте все к походу. Пошлите своих лазутчиков приготовить и осмотреть дороги; все богатство Индии будет вам за сию экспедицию наградой. Таковое предприятие увенчает вас всех славою, заслужит по мере заслуг особое благоволение… Есмь ваш благосклонный Павел».

12 января император подписал очередной рескрипт, в котором предписывалось все английские заведения в Индии разорить, угнетенных индийских «владельцев» освободить и «землю привесть России в ту же зависимость, в какой она была у англичан, и торг обратить к нам». Отпускалось около двух с половиной миллионов рублей на провиант и снаряжение казачьих обозов. Разграбление казаками Индии предполагало, однако, чтобы из полученной добычи был погашен долг в два с половиной миллиона рублей, выделенных на экспедицию.
Атаман В.П. Орлов отдал приказ готовить донские полки в поход. Прибывший на Дон Платов получил от него под командование тринадцать полков, составивших самую большую колонну казачьих войск (всего колонн было четыре). 10 февраля Матвей Иванович отправился в станицу Качалинскую – на сборное место своей колонны. 20 февраля императору было направлено сообщение о готовности казаков к походу. На следующий день, не дожидаясь ответа от императора, начал движение отряд генерала Денисова. 28 февраля, получив императорское благословение, выступили в поход колонна Платова и все остальные. Атаман Орлов с Атаманским полком участвовал в походе вместе с Платовым. В составе платовской колонны была вся наличная донская артиллерия: двенадцать пушек и двенадцать единорогов.
Двигались без передышки, останавливаясь только на ночлег. Три передовых казачьих полка вышли к Волге у Вольска. Переправа через замерзшую Волгу была сложной, но ее осилили все полки. В день казаки преодолевали тридцать-сорок верст. За три недели похода им удалось преодолеть около семисот верст. 23 марта передовой казачий отряд достиг верховий реки Иргиза. Оттуда предполагался рывок до Яика, краткий отдых в Оренбурге, где местные власти должны были заготовить верблюдов и все необходимое для попутного покорения Бухарии.
Однако задуманные планы оказались тщетными. Близ села Журавлиха Саратовской губернии казаков догнал курьер из Петербурга с извещением о смерти императора Павла и повелением нового императора Александра Павловича возвращаться на родину. Платова это известие застало в соседнем селе Мечетном. Казаки повернули обратно. Достигнув Волги, Матвей Иванович разделил свой отряд (отпустив верховых казаков) и с частью его прибыл в Черкасск. Поход был завершен.

В середине августа Платов получил от нового императора рескрипт. В нем говорилось:
«Известные Ваши достоинства мне и долговременная беспорочная служба побудили меня избрать Вас в войсковые атаманы Войска Донского на место умершего генерала от кавалерии Орлова; надеюсь, что Вы потщитесь усердным и порядочным исполнением Вашей должности сделаться еще более достойным оказываемого Вам доверия».

Император пригласил атамана на свою коронацию в Москву. 15 сентября Матвей Иванович присутствовал на этой торжественной церемонии.
Платову был пожалован Орден святой Анны I степени. Новый атаман был произведен в генерал-лейтенанты. Вместе с Александром I он прибыл в Петербург, где поспешил представить императору проект документа о переустройстве или переносе Черкасска на новое место. С этого началось атаманство Матвея Ивановича.
Впечатляющей прелюдией к нему стал знаменитый поход донских казаков с участием Платова на Индию. Необычность этой военной экспедиции поражает наше воображение и сейчас, спустя два с лишним столетия со времени ее осуществления.